| 6. Spieltag | 23.09.2007 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:1 | ||||
| 7. Spieltag | 26.09.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 2:0 |  |
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| 8. Spieltag | 30.09.2007 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 05.11.2007 | Bor. Mönchengladbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | |
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| 13. Spieltag | 11.11.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1899 Hoffenheim | 0:1 | |
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| 14. Spieltag | 23.11.2007 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 30.11.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | |
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| 16. Spieltag | 09.12.2007 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 17. Spieltag | 16.12.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Augsburg | 1:2 | ||||
| 26. Spieltag | 30.03.2008 | TSV 1860 München | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 27. Spieltag | 06.04.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 02.05.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 06.05.2008 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:0 |
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