| 2. Spieltag | 26.09.1999 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 31.10.1999 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 3:0 |  |
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| 8. Spieltag | 21.11.1999 | Panathinaikos | - | Olympiakos Piraeus | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 05.12.1999 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 3:0 | ||||
| 11. Spieltag | 13.12.1999 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 3:4 | ||||
| 12. Spieltag | 23.12.1999 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 16. Spieltag | 22.01.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 17. Spieltag | 30.01.2000 | Panathinaikos | - | AO Kavala | 3:0 |  |
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| 18. Spieltag | 06.02.2000 | AO Trikala | - | Panathinaikos | 1:3 | |
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| 20. Spieltag | 20.02.2000 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 05.03.2000 | Panathinaikos | - | Ethnikos Asteras | 4:0 | |
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| 24. Spieltag | 19.03.2000 | Panathinaikos | - | Paniliakos Pyrgos | 3:1 | |
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| 26. Spieltag | 02.04.2000 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 5:0 | ||||
| 27. Spieltag | 12.04.2000 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 0:2 | |
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| 29. Spieltag | 22.04.2000 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 14.05.2000 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:4 | ||||
| 34. Spieltag | 28.05.2000 | AO Kavala | - | Panathinaikos | 1:4 | |
Griechenland