| 1. Spieltag | 26.08.2012 | OFI Heraklion | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 01.09.2012 | Skoda Xanthi | - | AEK Athen | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 16.09.2012 | AO Kerkyra | - | Skoda Xanthi | 1:1 |  |
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| 4. Spieltag | 22.09.2012 | Skoda Xanthi | - | PAOK Saloniki | 0:3 | ||||
| 5. Spieltag | 30.09.2012 | Platanias Chanion | - | Skoda Xanthi | 3:2 | |
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| 6. Spieltag | 07.10.2012 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:2 | |
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| 11. Spieltag | 18.11.2012 | Skoda Xanthi | - | Panthrakikos | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 24.11.2012 | Atromitos | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 01.12.2012 | Skoda Xanthi | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 09.12.2012 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 4:0 | |
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| 15. Spieltag | 16.12.2012 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 12.01.2013 | AEK Athen | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 02.02.2013 | Skoda Xanthi | - | Platanias Chanion | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 17.02.2013 | Skoda Xanthi | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2013 | Skoda Xanthi | - | Veria FC | 0:2 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | Levadiakos | - | Skoda Xanthi | 1:4 | ||||
| 25. Spieltag | 10.03.2013 | Skoda Xanthi | - | PAS Giannina | 0:1 |
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