| 3. Spieltag | 04.08.2012 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 10.08.2012 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Krasnodar | 2:1 | ||||
| 12. Spieltag | 20.10.2012 | FK Krasnodar | - | Spartak Vladikavkaz | 2:0 |  |
|||
| 14. Spieltag | 04.11.2012 | FK Krasnodar | - | Dinamo Moskva | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 11.11.2012 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 19.11.2012 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 24.11.2012 | Lokomotiv Moskva | - | FK Krasnodar | 3:2 | |
|||
| 18. Spieltag | 30.11.2012 | FK Krasnodar | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:1 | |
|||
| 19. Spieltag | 07.12.2012 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 2:3 | ||||
| 20. Spieltag | 08.03.2013 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 17.03.2013 | CSKA Moskva | - | FK Krasnodar | 1:0 | |
|||
| 22. Spieltag | 31.03.2013 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 08.04.2013 | Mordovia Saransk | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 13.04.2013 | FK Krasnodar | - | Krylia Sovetov | 0:3 | ||||
| 25. Spieltag | 21.04.2013 | Zenit St. Petersburg | - | FK Krasnodar | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 29.04.2013 | Spartak Vladikavkaz | - | FK Krasnodar | 2:3 |
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