| 1. Spieltag | 07.08.1999 | KVC Westerlo | - | KRC Genk | 6:6 |  |
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| 2. Spieltag | 14.08.1999 | KAA Gent | - | KRC Genk | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 18.09.1999 | KRC Genk | - | Excelsior Mouscron | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 25.09.1999 | KSK Beveren | - | KRC Genk | 1:4 | ||||
| 8. Spieltag | 03.10.1999 | KRC Genk | - | Lierse SK (old) | 2:2 | |
|||
| 9. Spieltag | 13.10.1999 | Lommelse SK | - | KRC Genk | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 24.10.1999 | KRC Genk | - | Club Brugge KV | 1:0 | |
|||
| 11. Spieltag | 30.10.1999 | Sint-Truidense VV | - | KRC Genk | 0:5 | ||||
| 12. Spieltag | 06.11.1999 | KRC Genk | - | Sporting Lokeren | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 10.11.1999 | KRC Genk | - | Germinal Beerschot | 4:0 | ||||
| 22. Spieltag | 05.02.2000 | KRC Genk | - | RSC Charleroi | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 20.02.2000 | KRC Genk | - | KSK Beveren | 4:1 | ||||
| 26. Spieltag | 11.03.2000 | KRC Genk | - | Lommelse SK | 1:2 | ||||
| 34. Spieltag | 11.05.2000 | KRC Genk | - | KV Mechelen | 3:1 | |
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