| 15. Spieltag | 16.01.2000 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 22.01.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 19. Spieltag | 13.02.2000 | Paniliakos Pyrgos | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 20.02.2000 | Olympiakos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:0 |  |
|||
| 23. Spieltag | 13.03.2000 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 1:2 | ||||
| 24. Spieltag | 19.03.2000 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 26.03.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panachaiki GE | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2000 | AO Proodeftiki | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 12.04.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 16.04.2000 | Apollon Smyrnis | - | PS Kalamata | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 23.04.2000 | AO Kavala | - | Apollon Smyrnis | 1:3 | |
|||
| 30. Spieltag | 03.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | AO Trikala | 5:2 |  |
|||
| 31. Spieltag | 07.05.2000 | AEK Athen | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 32. Spieltag | 13.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | PAOK Saloniki | 3:4 | ||||
| 33. Spieltag | 21.05.2000 | Panathinaikos | - | Apollon Smyrnis | 5:0 | ||||
| 34. Spieltag | 28.05.2000 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 0:1 |
Griechenland