| 1. Spieltag | 30.07.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FSV Zwickau | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 06.08.2016 | SC Paderborn 07 | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 10.08.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 4. Spieltag | 13.08.2016 | MSV Duisburg | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Preußen Münster | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 21.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Holstein Kiel | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 02.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 16.10.2016 | Chemnitzer FC | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:1 | ||||
| 17. Spieltag | 03.12.2016 | VfR Aalen | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:0 | ||||
| 32. Spieltag | 09.04.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Hansa Rostock | 2:4 | ||||
| 35. Spieltag | 29.04.2017 | FSV Frankfurt | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:2 | ||||
| 36. Spieltag | 06.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfR Aalen | 2:0 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Fortuna Köln | 4:0 |
Deutschland