| 1. Runde | 28.09.2006 | Randers FC | - | Fenerbahçe | 0:3 | ||||
| Gruppe H | 19.10.2006 | Newcastle United | - | Fenerbahçe | 1:0 | ||||
| Gruppe H | 23.11.2006 | Fenerbahçe | - | US Palermo | 3:0 |  |
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| Gruppe H | 30.11.2006 | RC Celta | - | Fenerbahçe | 1:0 | ||||
| Gruppe H | 13.12.2006 | Fenerbahçe | - | Eintracht Frankfurt | 2:2 | ||||
| 3. Runde | 14.02.2007 | Fenerbahçe | - | AZ Alkmaar | 3:3 | ||||
| 3. Runde | 22.02.2007 | AZ Alkmaar | - | Fenerbahçe | 2:2 |  |
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