| 18. Spieltag | 06.02.2000 | Paniliakos Pyrgos | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 13.02.2000 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 20.02.2000 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 27.02.2000 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 1:3 |  |
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| 25. Spieltag | 26.03.2000 | Panionios GSS | - | AO Proodeftiki | 2:1 | |
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| 26. Spieltag | 02.04.2000 | Panionios GSS | - | PS Kalamata | 2:0 | |
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| 27. Spieltag | 12.04.2000 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 2:1 |  |
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| 28. Spieltag | 16.04.2000 | Panionios GSS | - | AO Kavala | 1:1 | |
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| 29. Spieltag | 23.04.2000 | AO Trikala | - | Panionios GSS | 2:3 | ||||
| 30. Spieltag | 03.05.2000 | Panionios GSS | - | AEK Athen | 0:2 | ||||
| 31. Spieltag | 08.05.2000 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 14.05.2000 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:4 | |
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