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| 20.06.2009 | 16:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Sillamäe Kalev | 0:2 (0:0) | |
| 16:00 | JK Narva Trans | - | FC Kuressaare | 2:0 (1:0) | ||
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tallinna Kalev | 2:1 (0:1) | ||
| 16:00 | JK Tammeka | - | Tulevik Viljandi | 1:1 (0:0) | ||
| 18:30 | FC Levadia | - | FC Flora | 3:2 (3:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 17 | 15 | 2 | 0 | 56:10 | 46 | 47 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 17 | 12 | 2 | 3 | 43:16 | 27 | 38 |
| 3 |
|
FC Flora | 17 | 11 | 2 | 4 | 37:15 | 22 | 35 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 17 | 10 | 2 | 5 | 36:20 | 16 | 32 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 17 | 9 | 1 | 7 | 31:22 | 9 | 28 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 17 | 7 | 4 | 6 | 20:25 | -5 | 25 |
| 7 |
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FC Kuressaare | 17 | 3 | 3 | 11 | 6:32 | -26 | 12 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 17 | 3 | 2 | 12 | 6:36 | -30 | 11 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 17 | 2 | 4 | 11 | 15:28 | -13 | 10 |
| 10 |
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JK Tammeka | 17 | 1 | 2 | 14 | 8:54 | -46 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
