# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 13 7 4 2 13:5 8 25
2 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 13 6 5 2 11:6 5 23
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 13 6 4 3 12:8 4 22
4 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 13 5 7 1 8:4 4 22
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 13 4 5 4 6:5 1 17
6 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 13 2 9 2 4:4 0 15
7 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 13 3 4 5 7:7 0 13
8 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 13 2 5 5 2:8 -6 11
9 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 13 2 5 6 5:13 -8 11
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 13 2 2 9 3:11 -8 8
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.