# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 13 9 3 1 29:15 14 30
2 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 13 7 0 6 24:24 0 21
3 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 13 6 2 5 21:15 6 20
4 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 13 4 5 4 22:18 4 17
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 13 5 2 6 18:17 1 17
6 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 13 4 5 4 11:12 -1 17
7 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 13 7 2 4 18:14 4 16
8 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 13 4 4 5 20:23 -3 16
9 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 13 3 4 6 8:16 -8 13
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 13 1 3 9 8:25 -17 6
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.