| 20. Spieltag | 29.02.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | VfB Stuttgart II | 3:1 |  |
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| 21. Spieltag | 08.03.2008 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Pfullendorf | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 20.03.2008 | Sportfreunde Siegen | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 29.03.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 05.04.2008 | Hessen Kassel | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 |  |
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| 26. Spieltag | 11.04.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | Karlsruher SC II | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 19.04.2008 | SV Sandhausen | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | |
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| 28. Spieltag | 25.04.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FSV Oggersheim | 2:1 | |
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| 29. Spieltag | 03.05.2008 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | |
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| 30. Spieltag | 07.05.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | VfR Aalen | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 11.05.2008 | SSV Reutlingen | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 17.05.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München II | 2:1 | |
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| 33. Spieltag | 24.05.2008 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 | |
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| 34. Spieltag | 31.05.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SpVgg Unterhaching | 2:0 |
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