| 19. Spieltag | 07.02.2009 | FC Vaduz | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 14.02.2009 | FC Aarau | - | Neuchâtel Xamax FC | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 21.02.2009 | BSC Young Boys | - | FC Aarau | 4:0 | ||||
| 22. Spieltag | 28.02.2009 | FC Aarau | - | Grasshopper Club Zürich | 0:3 | ||||
| 23. Spieltag | 07.03.2009 | FC Basel 1893 | - | FC Aarau | 3:1 | ||||
| 18. Spieltag | 11.03.2009 | FC Aarau | - | Grasshopper Club Zürich | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 14.03.2009 | FC Aarau | - | FC Luzern | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.03.2009 | FC Aarau | - | FC Sion | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 05.04.2009 | FC Zürich | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 11.04.2009 | FC Aarau | - | AC Bellinzona | 0:0 |  |
|||
| 28. Spieltag | 18.04.2009 | AC Bellinzona | - | FC Aarau | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 22.04.2009 | FC Aarau | - | FC Zürich | 0:3 | ||||
| 30. Spieltag | 25.04.2009 | FC Sion | - | FC Aarau | 2:0 | ||||
| 34. Spieltag | 16.05.2009 | FC Aarau | - | BSC Young Boys | 0:1 | ||||
| 35. Spieltag | 24.05.2009 | Neuchâtel Xamax FC | - | FC Aarau | 3:1 |
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