| 19. Spieltag | 09.02.2004 | Energie Cottbus | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 15.02.2004 | 1. FC Union Berlin | - | Erzgebirge Aue | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 14.03.2004 | 1. FC Union Berlin | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.03.2004 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 28.03.2004 | 1. FC Union Berlin | - | Eintracht Trier | 1:3 | ||||
| 27. Spieltag | 04.04.2004 | Arminia Bielefeld | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 |  |
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| 29. Spieltag | 18.04.2004 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Nürnberg | 3:5 |  |
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| 30. Spieltag | 23.04.2004 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Union Berlin | 0:2 | ||||
| 31. Spieltag | 02.05.2004 | 1. FC Union Berlin | - | Rot-Weiß Oberhausen | 2:2 | ||||
| 32. Spieltag | 09.05.2004 | LR Ahlen | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 16.05.2004 | 1. FC Union Berlin | - | Karlsruher SC | 2:2 |  |
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| 34. Spieltag | 23.05.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 | |
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