| 4. Spieltag | 13.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | Borussia Dortmund II | 2:1 |  |
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| 6. Spieltag | 27.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | FC Schalke 04 II | 0:2 | ||||
| 7. Spieltag | 04.10.2008 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 18.10.2008 | Bayer Leverkusen II | - | VfL Bochum II | 3:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.10.2008 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 |  |
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| 13. Spieltag | 14.11.2008 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 5:1 |  |
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| 15. Spieltag | 29.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | |
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| 14. Spieltag | 02.12.2008 | Bayer Leverkusen II | - | Rot-Weiss Essen | 4:2 | |
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| 16. Spieltag | 06.12.2008 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Kleve | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 13.12.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | |
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| 18. Spieltag | 20.12.2008 | Bayer Leverkusen II | - | SC Verl | 2:2 | |
Deutschland