| 23. Spieltag | 22.01.2000 | CD Leganés | - | Atlético Madrid B | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 30.01.2000 | Atlético Madrid B | - | CA Osasuna | 1:1 |  |
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| 26. Spieltag | 13.02.2000 | Atlético Madrid B | - | Córdoba CF | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 11.03.2000 | Atlético Madrid B | - | UD Salamanca | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 19.03.2000 | Albacete | - | Atlético Madrid B | 1:0 | |
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| 32. Spieltag | 26.03.2000 | Atlético Madrid B | - | CD Badajoz | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 01.04.2000 | Getafe CF | - | Atlético Madrid B | 2:0 | |
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| 34. Spieltag | 09.04.2000 | Atlético Madrid B | - | SD Eibar | 2:0 | ||||
| 35. Spieltag | 16.04.2000 | Elche CF | - | Atlético Madrid B | 1:1 | ||||
| 36. Spieltag | 23.04.2000 | Atlético Madrid B | - | Villarreal CF | 1:4 |  |
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| 37. Spieltag | 29.04.2000 | Levante UD | - | Atlético Madrid B | 3:0 | |
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| 38. Spieltag | 06.05.2000 | Atlético Madrid B | - | CD Tenerife | 2:1 | |
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| 39. Spieltag | 14.05.2000 | Sporting Gijón | - | Atlético Madrid B | 3:1 |  |
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| 41. Spieltag | 28.05.2000 | CD Toledo | - | Atlético Madrid B | 1:1 | ||||
| 42. Spieltag | 04.06.2000 | Atlético Madrid B | - | CP Mérida | 0:0 |
Spanien