| 7. Spieltag | 08.09.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München II | 3:0 |  |
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| 21. Spieltag | 24.02.2007 | Karlsruher SC II | - | TSV 1860 München II | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 03.03.2007 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:2 | ||||
| 23. Spieltag | 11.03.2007 | VfB Stuttgart II | - | TSV 1860 München II | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 17.03.2007 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 24.03.2007 | SV Darmstadt 98 | - | TSV 1860 München II | 1:0 |  |
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| 26. Spieltag | 07.04.2007 | TSV 1860 München II | - | SC Pfullendorf | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 13.04.2007 | 1. FC Saarbrücken | - | TSV 1860 München II | 5:2 | |
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| 28. Spieltag | 21.04.2007 | TSV 1860 München II | - | Sportfreunde Siegen | 3:0 | ||||
| 29. Spieltag | 28.04.2007 | SSV Reutlingen | - | TSV 1860 München II | 2:2 | ||||
| 30. Spieltag | 05.05.2007 | TSV 1860 München II | - | FK Pirmasens | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 11.05.2007 | Stuttgarter Kickers | - | TSV 1860 München II | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 26.05.2007 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 02.06.2007 | Hessen Kassel | - | TSV 1860 München II | 3:8 |  |
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