| 1. Runde | 09.08.2008 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FSV Mainz 05 | 1:2 n.V. | ||||
| 2. Runde | 23.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | 1. FC Köln | 3:1 |  |
|||
| Achtelfinale | 27.01.2009 | SC Freiburg | - | 1. FSV Mainz 05 | 1:3 | ||||
| Viertelfinale | 03.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Schalke 04 | 1:0 |  |
|||
| Halbfinale | 21.04.2009 | Bayer Leverkusen | - | 1. FSV Mainz 05 | 4:1 n.V. |
Slowakei