| Gruppe F | 15.09.2016 | Rapid Wien | - | KRC Genk | 3:2 |  |
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| Gruppe F | 29.09.2016 | KRC Genk | - | Sassuolo Calcio | 3:1 | ||||
| Gruppe F | 20.10.2016 | KRC Genk | - | Athletic Club | 2:0 | ||||
| Gruppe F | 03.11.2016 | Athletic Club | - | KRC Genk | 5:3 | |
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| Gruppe F | 24.11.2016 | KRC Genk | - | Rapid Wien | 1:0 | |
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| Sechzehntelfinale | 16.02.2017 | Astra Giurgiu | - | KRC Genk | 2:2 | ||||
| Sechzehntelfinale | 23.02.2017 | KRC Genk | - | Astra Giurgiu | 1:0 |  |
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| Achtelfinale | 09.03.2017 | KAA Gent | - | KRC Genk | 2:5 | ||||
| Achtelfinale | 16.03.2017 | KRC Genk | - | KAA Gent | 1:1 | ||||
| Viertelfinale | 13.04.2017 | RC Celta | - | KRC Genk | 3:2 | ||||
| Viertelfinale | 20.04.2017 | KRC Genk | - | RC Celta | 1:1 |
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