| 1. Spieltag | 30.07.2016 | Red Star FC | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 05.08.2016 | AJ Auxerre | - | Gazélec FC Ajaccio | 1:2 |  |
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| 3. Spieltag | 12.08.2016 | FC Bourg-Péronnas | - | AJ Auxerre | 2:4 |  |
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| 4. Spieltag | 19.08.2016 | AJ Auxerre | - | Clermont Foot 63 | 0:1 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2016 | US Orléans | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 09.09.2016 | AJ Auxerre | - | FC Sochaux | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Stade Brestois 29 | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 20.09.2016 | AC Ajaccio | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 23.09.2016 | AJ Auxerre | - | Havre AC | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 30.09.2016 | Stade de Reims | - | AJ Auxerre | 3:0 | ||||
| 11. Spieltag | 14.10.2016 | AJ Auxerre | - | Stade Lavallois | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 21.10.2016 | RC Strasbourg | - | AJ Auxerre | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2016 | Amiens SC | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 27.01.2017 | Clermont Foot 63 | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 07.02.2017 | FC Sochaux | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 10.02.2017 | AJ Auxerre | - | Stade Brestois 29 | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 17.02.2017 | AJ Auxerre | - | AC Ajaccio | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 24.02.2017 | Havre AC | - | AJ Auxerre | 1:0 |
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