| 15. Spieltag | 18.11.2016 | Valenciennes FC | - | FC Bourg-Péronnas | 3:3 | ||||
| 16. Spieltag | 25.11.2016 | FC Bourg-Péronnas | - | Red Star FC | 4:1 | ||||
| 17. Spieltag | 29.11.2016 | FC Sochaux | - | FC Bourg-Péronnas | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 13.01.2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Stade de Reims | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 27.01.2017 | FC Bourg-Péronnas | - | AC Ajaccio | 3:2 | ||||
| 23. Spieltag | 03.02.2017 | Chamois Niortais | - | FC Bourg-Péronnas | 3:2 | ||||
| 26. Spieltag | 17.02.2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Tours FC | 3:2 | ||||
| 27. Spieltag | 24.02.2017 | Stade Lavallois | - | FC Bourg-Péronnas | 2:4 | ||||
| 31. Spieltag | 31.03.2017 | Gazélec FC Ajaccio | - | FC Bourg-Péronnas | 2:3 | ||||
| 32. Spieltag | 07.04.2017 | US Orléans | - | FC Bourg-Péronnas | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 14.04.2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Valenciennes FC | 0:2 | ||||
| 35. Spieltag | 28.04.2017 | FC Bourg-Péronnas | - | FC Sochaux | 0:1 | ||||
| 36. Spieltag | 05.05.2017 | Clermont Foot 63 | - | FC Bourg-Péronnas | 2:3 | ||||
| 37. Spieltag | 12.05.2017 | FC Bourg-Péronnas | - | Stade Brestois 29 | 1:2 | ||||
| 38. Spieltag | 19.05.2017 | RC Strasbourg | - | FC Bourg-Péronnas | 2:1 |
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