| 18. Spieltag | 01.02.2009 | TSV 1860 München | - | SC Freiburg | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 06.02.2009 | SC Freiburg | - | VfL Osnabrück | 4:1 |  |
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| 20. Spieltag | 16.02.2009 | Hansa Rostock | - | SC Freiburg | 1:3 | |
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| 23. Spieltag | 08.03.2009 | SC Freiburg | - | Alemannia Aachen | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 15.03.2009 | MSV Duisburg | - | SC Freiburg | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 23.03.2009 | SC Freiburg | - | 1. FC Nürnberg | 0:1 |  |
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| 26. Spieltag | 06.04.2009 | SC Freiburg | - | Rot Weiss Ahlen | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 24.04.2009 | FC St. Pauli | - | SC Freiburg | 1:2 | |
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| 30. Spieltag | 03.05.2009 | SC Freiburg | - | FSV Frankfurt | 4:1 | ||||
| 31. Spieltag | 10.05.2009 | TuS Koblenz | - | SC Freiburg | 2:5 | |
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| 32. Spieltag | 13.05.2009 | SC Freiburg | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 17.05.2009 | Rot-Weiß Oberhausen | - | SC Freiburg | 1:0 |
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