# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 33 26 5 2 91:28 63 83
2 FC Levadia, Estland FC Levadia 33 24 7 2 100:20 80 79
3 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 33 22 5 6 88:28 60 71
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 33 19 4 10 98:44 54 61
5 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 33 13 5 15 45:48 -3 44
6 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 33 9 6 18 50:72 -22 33
7 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 33 8 9 16 37:59 -22 33
8 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 33 8 7 18 39:83 -44 31
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 33 7 4 22 32:86 -54 25
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 33 2 2 29 25:137 -112 8
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.