# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 11 6 4 1 17:9 8 46
2 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 11 6 3 2 24:13 11 45
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 11 6 2 3 16:10 6 44
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 11 4 5 2 17:16 1 39
5 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 11 6 2 3 20:11 9 38
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 11 6 2 3 22:18 4 38
7 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 11 4 4 3 18:14 4 38
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 11 4 3 4 12:14 -2 33
9 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 11 5 1 5 17:18 -1 30
10 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 11 4 1 6 19:26 -7 27
11 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 11 4 2 5 15:14 1 24
12 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 11 3 2 6 12:18 -6 23
13 FC Sion, Schweiz FC Sion 0 0 0 0 0:0 0 20
14 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 11 2 4 5 14:21 -7 20
15 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 11 3 2 6 9:14 -5 19
16 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 11 3 3 5 19:22 -3 16
17 FC Baden, Schweiz FC Baden 11 2 0 9 13:26 -13 16
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.