# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 31 16 9 6 50:39 11 81
2 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 30 16 8 6 55:29 26 78
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 31 15 6 10 47:30 17 75
4 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 31 16 7 8 48:37 11 73
5 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 31 12 14 5 46:37 9 72
6 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 31 11 10 10 48:37 11 67
7 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 31 15 6 10 53:46 7 65
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 30 13 6 11 41:38 3 63
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 30 11 9 10 43:42 1 60
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 30 12 3 15 43:54 -11 53
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 30 9 10 11 42:51 -9 49
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 17 7 6 4 23:14 9 47
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 30 9 8 13 39:49 -10 45
14 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 31 8 6 17 38:45 -7 40
15 FC Baden, Schweiz FC Baden 30 8 4 18 34:53 -19 38
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 31 6 7 18 23:47 -24 33
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 31 6 7 18 37:62 -25 29
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.