# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 6 3 2 1 13:7 6 35
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 6 3 2 1 12:8 4 35
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 6 2 2 2 4:5 -1 32
4 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 6 4 1 1 13:4 9 31
5 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 6 2 2 2 10:11 -1 30
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 6 3 2 1 9:8 1 29
7 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 6 1 3 2 6:7 -1 28
8 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 6 4 0 2 10:7 3 26
9 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 6 2 2 2 7:8 -1 26
10 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 6 3 1 2 7:7 0 22
11 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 6 3 1 2 10:6 4 20
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 0 0 0 0 0:0 0 20
13 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 6 2 0 4 10:14 -4 20
14 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 6 1 2 3 6:12 -6 15
15 FC Baden, Schweiz FC Baden 6 1 0 5 5:13 -8 13
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 6 1 1 4 3:9 -6 12
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 6 1 3 2 9:8 1 10
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.