# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Aarau, Schweiz FC Aarau 36 23 7 6 43:22 21 76
2 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 36 14 15 7 27:26 1 57
3 FC Biel/Bienne, Schweiz FC Biel/Bienne 36 15 10 11 41:26 15 55
4 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 36 14 11 11 35:24 11 53
5 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 36 12 16 8 35:27 8 52
6 FC Wil 1900, Schweiz FC Wil 1900 36 12 8 15 36:41 -5 44
7 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 36 10 10 16 25:33 -8 40
8 FC Lugano, Schweiz FC Lugano 36 8 12 15 22:29 -7 36
9 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 36 8 9 18 19:34 -15 33
10 FC Locarno, Schweiz FC Locarno 36 6 14 15 19:40 -21 32
  Aufstieg
  Abstieg

# Beim Spiel der 2. Runde FC Wil 1900 - FC Wohlen 0:1 (0:1) am 22.07.2012 stand bei Wil der nicht einsatzberechtigte Lars Leuzinger im Kader. Die Partie wurde deshalb von der Disziplinarkommission der SFL mit 0:3 gewertet.

# Beim Spiel der 19. Runde FC Locarno - FC Lugano 0:3 (0:2) am 13.02.2013 hatte Lugano acht statt der maximal erlaubten sieben nicht lokal ausgebildeten Spieler im Kader. Die Partie wurde deshalb von der SFL mit 3:0 für Locarno gewertet.

# Dem AC Bellinzona wurde wegen Verstösse gegen das Lizenzreglement sieben Punkte abgezogen.

# Der AC Bellinzona erhielt vom Schweizer Fußballverband für die Saison 2013/2014 keine Lizenz. Der FC Locarno spielt somit trotz sportlichen Abstiegs auch in der Saison 2013/2014 in der Challenge League.