| 9. Spieltag | 24.09.2006 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 30.09.2006 | FK Pirmasens | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 15.10.2006 | Bayern München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 20.10.2006 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 29.10.2006 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 4:1 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 07.11.2006 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 11.11.2006 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 18.11.2006 | SV Darmstadt 98 | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 18. Spieltag | 25.11.2006 | Hessen Kassel | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 03.12.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 08.12.2006 | TSG Hoffenheim | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 25. Spieltag | 24.03.2007 | Bayern München II | - | SSV Reutlingen | 3:0 | ||||
| 29. Spieltag | 29.04.2007 | Bayern München II | - | Stuttgarter Kickers | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 26.05.2007 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 1:1 |  |
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