| 2. Spieltag | 05.08.2016 | AJ Auxerre | - | Gazélec FC Ajaccio | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 29.10.2016 | AJ Auxerre | - | Chamois Niortais | 0:4 | ||||
| 15. Spieltag | 18.11.2016 | AJ Auxerre | - | RC Lens | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 25.11.2016 | Tours FC | - | AJ Auxerre | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 09.12.2016 | ESTAC Troyes | - | AJ Auxerre | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 16.12.2016 | AJ Auxerre | - | Valenciennes FC | 1:1 |  |
|||
| 20. Spieltag | 13.01.2017 | Gazélec FC Ajaccio | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 20.01.2017 | AJ Auxerre | - | FC Bourg-Péronnas | 0:2 | ||||
| 23. Spieltag | 04.02.2017 | AJ Auxerre | - | US Orléans | 0:2 | ||||
| 28. Spieltag | 03.03.2017 | AJ Auxerre | - | Stade de Reims | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 31.03.2017 | Chamois Niortais | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 07.04.2017 | AJ Auxerre | - | Amiens SC | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 21.04.2017 | AJ Auxerre | - | Tours FC | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 28.04.2017 | Nîmes Olympique | - | AJ Auxerre | 0:1 |  |
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| 36. Spieltag | 05.05.2017 | AJ Auxerre | - | ESTAC Troyes | 2:3 | ||||
| 37. Spieltag | 12.05.2017 | Valenciennes FC | - | AJ Auxerre | 0:0 |
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