| 3. Spieltag | 18.03.2017 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 | ||||
| 4. Spieltag | 01.04.2017 | FC Flora | - | JK Tammeka | 4:0 |  |
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| 6. Spieltag | 14.04.2017 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 7. Spieltag | 21.04.2017 | FC Infonet | - | FC Flora | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 25.04.2017 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:2 | ||||
| 9. Spieltag | 28.04.2017 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 10. Spieltag | 05.05.2017 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 7:0 | ||||
| 13. Spieltag | 23.05.2017 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 16. Spieltag | 16.06.2017 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:10 | ||||
| 18. Spieltag | 09.07.2017 | FC Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 22.07.2017 | JK Tammeka | - | FC Flora | 2:3 | ||||
| 21. Spieltag | 29.07.2017 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 05.08.2017 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 1:8 |  |
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| 23. Spieltag | 11.08.2017 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 3:2 | ||||
| 30. Spieltag | 16.09.2017 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 14.10.2017 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 3:0 | |
Estland