| 18. Spieltag | 31.01.2004 | Alemannia Aachen | - | Wacker Burghausen | 0:1 |  |
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| 19. Spieltag | 06.02.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 13.02.2004 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 21. Spieltag | 22.02.2004 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:0 | |
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| 23. Spieltag | 05.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 0:0 |  |
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| 24. Spieltag | 14.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Arminia Bielefeld | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 21.03.2004 | 1. FSV Mainz 05 | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 26.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Energie Cottbus | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 11.04.2004 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2004 | Wacker Burghausen | - | VfB Lübeck | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 23.05.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 |
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