| 1. Spieltag | 06.08.2016 | Blackpool FC | - | Exeter City | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 17.09.2016 | Exeter City | - | Plymouth Argyle | 0:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Stevenage FC | - | Exeter City | 0:2 |  |
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| 10. Spieltag | 27.09.2016 | Exeter City | - | Notts County | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 01.10.2016 | Wycombe Wanderers | - | Exeter City | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 08.10.2016 | Exeter City | - | Grimsby Town | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Barnet FC | - | Exeter City | 1:4 | |
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| 14. Spieltag | 22.10.2016 | Exeter City | - | Cambridge United | 1:2 | ||||
| 15. Spieltag | 29.10.2016 | Morecambe FC | - | Exeter City | 0:3 | |
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| 16. Spieltag | 12.11.2016 | Exeter City | - | Doncaster Rovers | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 19.11.2016 | Carlisle United | - | Exeter City | 3:2 | |
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| 20. Spieltag | 10.12.2016 | Cheltenham Town | - | Exeter City | 1:3 | |
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| 21. Spieltag | 17.12.2016 | Exeter City | - | Mansfield Town | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 26.12.2016 | Yeovil Town | - | Exeter City | 0:0 | ||||
| 43. Spieltag | 17.04.2017 | Cambridge United | - | Exeter City | 1:0 | ||||
| 44. Spieltag | 22.04.2017 | Exeter City | - | Morecambe FC | 3:1 |
England