| 1. Spieltag | 06.08.2016 | Hartlepool United | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 13.08.2016 | Colchester United | - | Cambridge United | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 16.08.2016 | Colchester United | - | Grimsby Town | 3:2 | ||||
| 4. Spieltag | 20.08.2016 | Portsmouth FC | - | Colchester United | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Wycombe Wanderers | - | Colchester United | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 03.09.2016 | Colchester United | - | Exeter City | 2:3 |  |
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| 7. Spieltag | 10.09.2016 | Colchester United | - | Blackpool FC | 3:2 | |
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| 8. Spieltag | 17.09.2016 | Barnet FC | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Colchester United | - | Accrington Stanley | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 27.09.2016 | Crawley Town | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.10.2016 | Carlisle United | - | Colchester United | 2:0 | |
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| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Doncaster Rovers | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 22.10.2016 | Colchester United | - | Morecambe FC | 2:2 | ||||
| 15. Spieltag | 29.10.2016 | Plymouth Argyle | - | Colchester United | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 12.11.2016 | Colchester United | - | Leyton Orient | 0:3 |
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