| Gruppe E | 30.09.2008 | Villarreal CF | - | Celtic FC | 1:0 |  |
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| Gruppe E | 21.10.2008 | Villarreal CF | - | Aalborg BK | 6:3 | ||||
| Gruppe E | 05.11.2008 | Aalborg BK | - | Villarreal CF | 2:2 | ||||
| Gruppe E | 25.11.2008 | Villarreal CF | - | Manchester United | 0:0 | ||||
| Gruppe E | 10.12.2008 | Celtic FC | - | Villarreal CF | 2:0 |  |
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| Achtelfinale | 25.02.2009 | Villarreal CF | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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| Achtelfinale | 10.03.2009 | Panathinaikos | - | Villarreal CF | 1:2 | ||||
| Viertelfinale | 07.04.2009 | Villarreal CF | - | Arsenal FC | 1:1 | |
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