| 8. Spieltag | 19.09.2011 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 17.10.2011 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 1:3 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2011 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 3:1 | ||||
| 23. Spieltag | 26.02.2012 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 18.03.2012 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 02.04.2012 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 10.04.2012 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 22.04.2012 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 3:0 |
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