| 18. Spieltag | 01.02.2009 | Hansa Rostock | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 06.02.2009 | Alemannia Aachen | - | Hansa Rostock | 3:3 | ||||
| 20. Spieltag | 16.02.2009 | Hansa Rostock | - | SC Freiburg | 1:3 | ||||
| 21. Spieltag | 20.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 | - | Hansa Rostock | 3:1 |  |
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| 23. Spieltag | 06.03.2009 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 3:2 | |
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| 26. Spieltag | 05.04.2009 | Hansa Rostock | - | FSV Frankfurt | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 09.04.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 28. Spieltag | 17.04.2009 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Oberhausen | 3:1 | |
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| 30. Spieltag | 01.05.2009 | Hansa Rostock | - | 1. FC Kaiserslautern | 5:1 | ||||
| 31. Spieltag | 08.05.2009 | TSV 1860 München | - | Hansa Rostock | 3:3 | |
|||
| 32. Spieltag | 12.05.2009 | Hansa Rostock | - | FC Augsburg | 3:3 | |
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| 33. Spieltag | 17.05.2009 | Hansa Rostock | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 24.05.2009 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hansa Rostock | 1:1 |
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