| 6. Spieltag | 06.09.2003 | Boston United | - | Scunthorpe United | 1:1 |  |
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| 7. Spieltag | 13.09.2003 | Bristol Rovers | - | Boston United | 2:0 | ||||
| 8. Spieltag | 17.09.2003 | Boston United | - | Cambridge United | 1:2 |  |
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| 9. Spieltag | 20.09.2003 | Boston United | - | Bury FC | 1:0 | |
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| 10. Spieltag | 27.09.2003 | Darlington FC | - | Boston United | 3:0 | ||||
| 11. Spieltag | 30.09.2003 | Yeovil Town | - | Boston United | 2:0 | |
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| 12. Spieltag | 04.10.2003 | Boston United | - | Oxford United | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 11.10.2003 | Boston United | - | Cheltenham Town | 3:1 | ||||
| 14. Spieltag | 18.10.2003 | York City | - | Boston United | 1:1 | |
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| 15. Spieltag | 21.10.2003 | Southend United | - | Boston United | 0:2 | |
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| 16. Spieltag | 25.10.2003 | Boston United | - | Torquay United | 4:0 | ||||
| 17. Spieltag | 01.11.2003 | Mansfield Town | - | Boston United | 2:1 | |
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| 21. Spieltag | 13.12.2003 | Boston United | - | Northampton Town | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 20.12.2003 | Rochdale AFC | - | Boston United | 1:0 | |
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| 23. Spieltag | 26.12.2003 | Boston United | - | Lincoln City | 0:1 | |
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| 25. Spieltag | 03.01.2004 | Carlisle United | - | Boston United | 2:1 | |
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| 27. Spieltag | 17.01.2004 | Huddersfield Town | - | Boston United | 2:0 |
England