| 18. Spieltag | 17.11.2006 | Chester City | - | Stockport County | 1:1 |  |
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| 19. Spieltag | 25.11.2006 | Stockport County | - | Macclesfield Town | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 05.12.2006 | Milton Keynes Dons | - | Stockport County | 2:0 | |
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| 21. Spieltag | 09.12.2006 | Stockport County | - | Darlington FC | 5:2 |  |
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| 22. Spieltag | 16.12.2006 | Bury FC | - | Stockport County | 2:0 | |
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| 23. Spieltag | 23.12.2006 | Wycombe Wanderers | - | Stockport County | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 26.12.2006 | Stockport County | - | Notts County | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 30.12.2006 | Stockport County | - | Grimsby Town | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 01.01.2007 | Shrewsbury Town | - | Stockport County | 4:2 | ||||
| 28. Spieltag | 13.01.2007 | Stockport County | - | Boston United | 2:0 | ||||
| 29. Spieltag | 20.01.2007 | Peterborough United | - | Stockport County | 0:3 | ||||
| 30. Spieltag | 27.01.2007 | Stockport County | - | Wycombe Wanderers | 2:0 | |
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| 27. Spieltag | 30.01.2007 | Wrexham FC | - | Stockport County | 0:1 | ||||
| 31. Spieltag | 03.02.2007 | Hereford United | - | Stockport County | 0:2 |
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