| 18. Spieltag | 21.02.2004 | FC Schalke 04 II | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 22. Spieltag | 12.03.2004 | FC Schalke 04 II | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 20.03.2004 | VfR Neumünster | - | FC Schalke 04 II | 2:3 |  |
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| 24. Spieltag | 27.03.2004 | FC Schalke 04 II | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 | |
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| 20. Spieltag | 30.03.2004 | FC Schalke 04 II | - | Sachsen Leipzig | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 03.04.2004 | Eintracht Braunschweig | - | FC Schalke 04 II | 2:2 | |
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| 26. Spieltag | 10.04.2004 | FC Schalke 04 II | - | SG Wattenscheid 09 | 2:2 | ||||
| 27. Spieltag | 16.04.2004 | FC St. Pauli | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 23.04.2004 | FC Schalke 04 II | - | Dynamo Dresden | 2:1 | |
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| 29. Spieltag | 01.05.2004 | Wuppertaler SV | - | FC Schalke 04 II | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 09.05.2004 | FC Schalke 04 II | - | Hamburger SV II | 2:3 | ||||
| 31. Spieltag | 15.05.2004 | Holstein Kiel | - | FC Schalke 04 II | 4:2 | |
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| 32. Spieltag | 22.05.2004 | FC Schalke 04 II | - | Rot-Weiss Essen | 0:7 | ||||
| 33. Spieltag | 30.05.2004 | Chemnitzer FC | - | FC Schalke 04 II | 0:6 | |
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| 34. Spieltag | 05.06.2004 | FC Schalke 04 II | - | SC Paderborn 07 | 2:4 | |
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