| 17. Spieltag | 11.12.2012 | AJ Auxerre | - | Chamois Niortais | 4:2 |  |
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| 19. Spieltag | 21.12.2012 | Clermont Foot Auvergne 63 | - | AJ Auxerre | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 12.01.2013 | AJ Auxerre | - | SM Caen | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 25.01.2013 | AJ Auxerre | - | Le Mans FC | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 01.02.2013 | Stade Lavallois | - | AJ Auxerre | 4:5 | |
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| 24. Spieltag | 08.02.2013 | AJ Auxerre | - | Tours FC | 3:2 | |
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| 25. Spieltag | 15.02.2013 | FC Istres | - | AJ Auxerre | 0:3 | ||||
| 33. Spieltag | 20.04.2013 | FC Nantes | - | AJ Auxerre | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 26.04.2013 | AJ Auxerre | - | LB Châteauroux | 0:0 | ||||
| 35. Spieltag | 03.05.2013 | Chamois Niortais | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 36. Spieltag | 10.05.2013 | AJ Auxerre | - | Angers SCO | 2:2 | |
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| 37. Spieltag | 17.05.2013 | AJ Auxerre | - | Clermont Foot Auvergne 63 | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 24.05.2013 | Nîmes Olympique | - | AJ Auxerre | 4:2 | |
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