| Gruppe I | 15.09.2016 | OGC Nice | - | FC Schalke 04 | 0:1 | ||||
| Gruppe I | 29.09.2016 | FC Schalke 04 | - | RB Salzburg | 3:1 | ||||
| Gruppe I | 20.10.2016 | FK Krasnodar | - | FC Schalke 04 | 0:1 |  |
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| Gruppe I | 03.11.2016 | FC Schalke 04 | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| Gruppe I | 24.11.2016 | FC Schalke 04 | - | OGC Nice | 2:0 | |
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| Gruppe I | 08.12.2016 | RB Salzburg | - | FC Schalke 04 | 2:0 | ||||
| Sechzehntelfinale | 16.02.2017 | PAOK Saloniki | - | FC Schalke 04 | 0:3 | ||||
| Viertelfinale | 13.04.2017 | AFC Ajax | - | FC Schalke 04 | 2:0 |
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