| 6. Spieltag | 09.09.2016 | AJ Auxerre | - | FC Sochaux | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Stade Brestois 29 | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 20.09.2016 | AC Ajaccio | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 23.09.2016 | AJ Auxerre | - | Havre AC | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 14.10.2016 | AJ Auxerre | - | Stade Lavallois | 2:0 |  |
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| 12. Spieltag | 21.10.2016 | RC Strasbourg | - | AJ Auxerre | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 29.10.2016 | AJ Auxerre | - | Chamois Niortais | 0:4 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2016 | Amiens SC | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 18.11.2016 | AJ Auxerre | - | RC Lens | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 25.11.2016 | Tours FC | - | AJ Auxerre | 2:1 | |
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| 17. Spieltag | 29.11.2016 | AJ Auxerre | - | Nîmes Olympique | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 20.01.2017 | AJ Auxerre | - | FC Bourg-Péronnas | 0:2 |
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