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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Flora | 7 | 6 | 1 | 0 | 23:3 | 20 | 19 |
| 2 |
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JK Nõmme Kalju | 7 | 5 | 1 | 1 | 21:7 | 14 | 16 |
| 3 |
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FC Levadia | 5 | 4 | 1 | 0 | 24:2 | 22 | 13 |
| 4 |
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FC Infonet | 6 | 3 | 1 | 2 | 16:5 | 11 | 10 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 5 | 3 | 0 | 2 | 7:6 | 1 | 9 |
| 6 |
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Paide Linnameeskond | 5 | 2 | 2 | 1 | 8:10 | -2 | 8 |
| 7 |
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JK Tammeka | 6 | 1 | 3 | 2 | 5:7 | -2 | 6 |
| 8 |
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Tulevik Viljandi | 6 | 2 | 0 | 4 | 6:11 | -5 | 6 |
| 9 |
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Pärnu JK Vaprus | 7 | 1 | 1 | 5 | 7:20 | -13 | 4 |
| 10 |
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JK Sillamäe Kalev | 1 | 0 | 1 | 0 | 1:1 | 0 | 1 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
