# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 19 11 3 5 28:18 10 60
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 19 9 7 3 26:18 8 58
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 19 10 4 5 37:20 17 56
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 19 8 8 3 27:21 6 54
5 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 19 7 6 6 33:24 9 51
6 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 19 9 5 5 28:19 9 50
7 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 19 9 4 6 33:28 5 49
8 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 19 9 3 7 30:31 -1 44
9 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 19 7 5 7 23:24 -1 44
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 19 8 2 9 27:34 -7 40
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 19 5 6 8 23:30 -7 33
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 3 3 0 0 7:0 7 29
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 17 4 6 7 22:29 -7 28
14 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 18 4 3 11 21:28 -7 25
15 FC Baden, Schweiz FC Baden 19 4 3 12 21:36 -15 25
16 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 19 5 4 10 25:36 -11 23
17 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 19 4 3 12 13:28 -15 23
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.