# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 20 10 7 3 28:19 9 61
2 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 20 11 3 6 28:19 9 60
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 20 11 4 5 39:20 19 59
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 20 8 9 3 30:24 6 55
5 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 20 9 6 5 29:20 9 51
6 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 20 7 6 7 33:26 7 51
7 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 20 9 5 6 34:29 5 50
8 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 20 10 3 7 34:31 3 47
9 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 20 8 5 7 24:24 0 47
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 20 8 2 10 27:38 -11 40
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 20 5 7 8 25:32 -7 34
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 4 4 0 0 11:2 9 32
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 18 4 6 8 23:31 -8 28
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 20 4 4 12 24:39 -15 26
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 18 4 3 11 21:28 -7 25
16 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 20 5 5 10 27:38 -11 24
17 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 20 4 3 13 15:32 -17 23
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.