# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 23 12 4 7 32:20 12 64
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 22 10 9 3 29:20 9 63
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 23 11 7 5 42:23 19 62
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 23 9 11 3 34:27 7 60
5 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 23 11 6 6 37:30 7 57
6 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 23 8 7 8 39:29 10 55
7 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 23 12 4 7 41:33 8 54
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 23 10 5 8 27:26 1 53
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 23 9 7 7 32:28 4 52
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 23 8 2 13 29:43 -14 40
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 23 6 7 10 27:38 -11 37
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 7 4 3 0 13:4 9 35
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 21 5 7 9 25:36 -11 32
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 23 6 4 13 27:40 -13 32
15 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 21 6 5 10 28:38 -10 27
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 23 5 4 14 17:34 -17 27
17 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 21 4 4 13 22:32 -10 26
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.