# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 24 13 4 7 34:20 14 67
2 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 24 12 7 5 44:24 20 65
3 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 22 10 9 3 29:20 9 63
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 24 9 12 3 36:29 7 61
5 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 24 12 6 6 39:30 9 60
6 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 24 8 8 8 39:29 10 56
7 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 24 12 4 8 41:34 7 54
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 24 10 6 8 28:27 1 54
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 24 9 8 7 34:30 4 53
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 24 9 2 13 30:43 -13 43
11 FC Sion, Schweiz FC Sion 8 5 3 0 14:4 10 38
12 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 24 6 8 10 28:39 -11 38
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 22 5 7 10 25:37 -12 32
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 24 6 4 14 27:42 -15 32
15 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 24 5 5 14 17:34 -17 28
16 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 22 6 5 11 28:40 -12 27
17 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 22 4 4 14 23:34 -11 26
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.