# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 26 14 4 8 36:22 14 70
2 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 26 13 8 5 46:25 21 69
3 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 24 12 9 3 35:23 12 69
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 26 10 13 3 39:30 9 65
5 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 26 12 7 7 40:32 8 61
6 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 26 9 8 9 42:32 10 59
7 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 24 12 4 8 41:34 7 54
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 26 10 6 10 31:33 -2 54
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 26 9 8 9 36:38 -2 53
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 26 11 2 13 36:44 -8 49
11 FC Sion, Schweiz FC Sion 10 6 3 1 16:6 10 41
12 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 26 7 8 11 32:45 -13 41
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 24 6 7 11 31:41 -10 35
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 26 7 4 15 30:45 -15 35
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 24 6 4 14 31:36 -5 32
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 26 5 6 15 18:37 -19 29
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 24 6 5 13 29:46 -17 27
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.