# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 25 13 9 3 37:23 14 72
2 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 27 14 5 8 37:23 14 71
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 27 13 8 6 47:27 20 69
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 27 10 14 3 41:32 9 66
5 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 27 10 8 9 44:33 11 62
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 26 12 7 7 40:32 8 61
7 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 25 13 4 8 42:34 8 57
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 27 11 6 10 34:34 0 57
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 27 10 8 9 38:39 -1 56
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 27 11 2 14 36:46 -10 49
11 FC Sion, Schweiz FC Sion 11 6 4 1 18:8 10 42
12 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 27 7 9 11 33:46 -13 42
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 25 6 7 12 31:42 -11 35
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 27 7 4 16 31:47 -16 35
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 25 6 4 15 32:38 -6 32
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 27 6 6 15 20:38 -18 32
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 25 6 5 14 30:49 -19 27
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.